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歯根嚢胞むし歯が進行し、歯髄に感染が起こり、それが歯根の尖端に波及すると、根尖性歯周炎が生じます。それが慢性化すると歯根肉芽腫（しこんにくげしゅ）や歯根嚢胞ができます。

日常臨床でしばしば遭遇するもので、顎骨の中に生じる嚢胞の50％以上を占めます。（治療）嚢胞の全摘出を行います。原因歯の骨植が悪い場合には、嚢胞の摘出と同時に原因歯の抜歯を行います。原因歯の骨植が良い場合には、感染した歯根の尖端部の切除（歯根端切除術　しこんたんせつじょじゅつ）とともに嚢胞の摘出を行います。

歯の原基（歯を形成したもとのもの）の上皮から生じる嚢胞で、その嚢胞腔内に埋伏歯の歯冠を含んでいます。無症状に経過し、エックス線写真撮影で偶然に発見される場合が多くみられます。（治療）　嚢胞の摘出を基本としますが、嚢胞の開窓（かいそう）を行って埋伏歯を萌出させることもあります。

上顎洞炎の手術後、数年から数十年経過後に上顎や頬部に生じる嚢胞です。無症状に経過しますが、頬部の違和感、鼻づまり、鼻汁、感染による顔面腫脹などの症状から発見されます。嚢胞の摘出を基本とします。時に、鼻腔に開窓することもあります。