虫歯の治療といっても、虫歯になって融かされ穴のあいた歯は決して元には戻りません。傷ついた皮膚や折れてしまった骨、といった他の体の部分では、多くの場合、ある程度元どおりふさがったり、つながったりします。ところが虫歯で融けた穴は、皮膚や骨のように再生しません。したがって虫歯の治療とは、他の部位のように「治す」と言う言葉はやや当てはまらないかもしれません。
では、虫歯の治療ですることとはなんでしょう。これには大きく言って、3つの段階に分かれます。
第一段階は、これ以上虫歯が拡がらないように、歯の中に入り込んだ虫歯菌を除去することです。その為に感染した部分を削り取ったりします。最近では、削る以外にもレーザーやエアブレイジョン（アルミニウムの微粒子を高速で吹き付けて歯を削る）、薬液でやわらかくして掻き出す方法など、「痛くない歯科治療」といわれような方法も使われています。
第二段階は、削ることで剥き出しになった歯の内部の傷口をふさいで保護する処置です。
この二つの処置は、このあと穴を埋める処置をしてしまうと見えなくなります。しかし、これらの処置をきちんとしていないと痛みが残ったり再発することがあります。
第三段階は、再生できない穴を埋める処置です。比較的小さい穴から、大きくあいてしまった穴まで、虫歯の程度で治療方法は変わってきます。歯科用拡大鏡初期の虫歯では充填処置をします。充填する材質は、樹脂、セラミック、銀化合物など、強度や審美的観点から種々開発されています。
もう少し大きい場合はインレーと呼ばれる詰め物を入れます。金属のものや歯と同じ色のセラミック製のものなど、です。さらに大きな時には、双眼 ルーペというかぶせもので被覆します。金歯や銀歯と言うように金属が一般的ですが、審美的にセラミック製のものも使われます。
インレーやクラウンといった処置で治療は完了ですが、重合器これらの人工物と歯の境目から、菌が侵食して虫歯が拡がることもあるので、治療後は、境目のケアを一層気をつけて行う必要があります。
さらに痛みがひどいときには、ついには神経を抜き、根の治療と言われる根管治療をしなければならないケースがあります。歯髄と歯の根の部分に溜まった膿を完全に除去し、空いた穴に人工物を充填して、その上にかぶせ物をします。根の治療をきちんとしておかないと、歯の土台である歯槽骨に病変がおよぶ恐れがあります。