いずれにせよ、根管治療の必要な歯は、根管内が汚染され問題が生じているわけですから、まず根管内をきれいにすることから始めます。また、根尖に炎症が生じた結果、膿（うみ）が溜まっている場合は、根管を通して、外へ排出させます。
根管治療をする時は通常、麻酔を施します。ですから多くの人々（およそ７５％）が治療中、何の不快感も経験しません。残りの２５％の不快感を経験した人々は通常、根管治療自体の痛みではなく、ひどい感染から影響を受けているのです。この場合感染を止めるために薬物療法を受け、あらゆる不快感を取り除くべきです。
根管治療の基本は、根管内の感染の除去です。その感染源はお口の中にいる細菌なのですから、根管治療中に細菌を持ち込まないように防御することがいちばん重要です。ラバーダムをせずに、治療のたびに感染を起こして、それを薬で消毒するというのは、本末転倒です。
根管治療後（抜髄、感染根管治療）後に治療の刺激（化学的刺激、物理的刺激、細菌性の刺激）により起こる。歯の神経を取ったのにどうして痛いのですかと患者様に尋ねられることがありますが、私は治療時に根の外に刺激が伝わるため術後の痛みがありますとお話しています。