根管治療法は細菌感染の程度に応じて区別されている。 治療方法はほとんど同じで、その目的は根管を消毒して細菌を取り除くことである。歯髄（しずい：歯の神経）の保存が不可能なときに、歯髄を取り除く方法神経は生きているので麻酔をして治療します。虫歯の痛みから解放されます。細菌が歯髄に到達後、根管壁の象牙質に及んでいる場合、その根管を感染根管とする。根尖性歯周炎を伴う事が多い。
根尖部に病巣を作ってしまった感染根管のケースです。抜髄の場合には根尖部にこのような病巣はありません。レントゲン写真でみてみると根の先の部分に黒い影がみえます。歯冠部を削り、歯の根にある、神経の管の部分を露出させます。虫歯になった部分にはばい菌がいますのできれいに取り除きます。また、歯髄のなくなった歯はもろくて欠けやすいので、治療が終了してきちんとクラウンなどをかぶせるまでは上下の歯が噛み合わさることのないようにしておきます。また、歯が欠ける事のない様、安全なかたちに削ります。たくさん削ってしまうように思われるかもしれませんがこうしておいた方が、歯が真っ二つに割れてしまうよりずっと安心です。
にこのようなまちばりみたいなものがたくさん入ったケースがでてきます。これはリーマーとかファイルとよばれるものでさきの針のような部分の形状が少しずつ異なっています。また太さも細いものから、太いものまでたくさんあります。これを根管の中に出したり入れたり何度もして根管の中をきれいにしていきます。
ファイルやリーマーを使って歯髄を取り除きながら根管を拡大し、さらに薬品を使ってきれいに取り除きます。根の先まできっちりと取り除く必要がありますので、歯の根の長さを正確に測定しなければなりません。このため、テスターのようなメーターのついた機械を使って電気抵抗値をはかって測定する方法や、リーマーをいれたままレントゲン写真を写して見て測定する方法などで調べます。
感染根管になっていると、根管内の歯質にもばい菌が存在しますのでこの部分も削り取らなければなりません。細い管の内側ですので細いファイルを細いものから順に使って少しずつ削り取っていきます。これを根管拡大といいます。この途中で何度か小さい注射器のようなシリンジに薬液を入れて根管の中を洗浄、消毒します。
根管内をきれいにして、根管の中に薬を入れた状態で仮封して約１週間おいておきます根管治療をしている間はこうして１週間おきに何度か薬を交換します。そうすると、次第に根尖病巣が小さくなり、治ってしまいます。根の先の病巣が治っていることが確認できれば、根管の中をすき間なくぴっちりと、専用のシーリング材を用いて充填します。これを根管充填といいます。根管治療はこの根管充填まできっちりと完了させておかねばなりません。途中で中断したまま長期間放置しておくと、根管内にまたばい菌が増え、再び根尖病巣が大きくなってきます。根管治療が終了すれば、根管に芯（ポスト）をたてて土台を作り、この上にクラウンなどのかぶせを装着します。